飛機:新石垣島機場只有一座航站樓,從大陸前往石垣島,一般建議選擇從那霸飛到石垣島的航班,全日空和日本航空每日均有數班航班來回。
水運:石垣島作為八重山列島的交通樞紐,石垣港離島碼頭幾乎每日都有數班船來回竹富島、西表島、小浜島、黑島、波照間島,可以購買單次或來回船票前往各島觀光。
Yui-Rail單軌列車:準時運行,搭乘方便。票價根據乘車距離計算,價格在230-330日元不等。
公交車:分高速巴士和普通巴士,本島主要區域都可以搭乘巴士到達。
出租車:起步價(1.8km以內)在500-610日元之間,之後每增加401m的距離增加60-90日元。
輪渡:分為高速船和渡輪,本島最常用的碼頭是那霸的泊港。
租車:提前獲得國際駕照(IDP)可以在日本租車,自駕會更加方便高效,根據租車公司和計劃的不同,價格和租車方式也不同。