庫車克孜爾石窟的洞窟大致分兩種，一種為僧房，是供僧徒居住的場所，多為居室加通道結構，室內有灶炕和簡單的生活設施；而另一種為佛殿，是供佛徒禮拜和講經說法的地方。這些不同樣式和不同用途的洞窟有規則的修建在懸崖上，組合成一個個單元。 最能體現克孜爾石窟建築特點的是中心柱式石窟。石窟主室正壁為主尊釋迦佛，兩側壁和窟頂則繪有釋迦牟尼的事蹟如“本生故事”等。看完主室後，可以按照順時針方向進入後室，觀看佛的“涅盤”像，然後再回到主室，擡頭正好可以觀看石窟入口上方的彌勒菩薩說法圖。