飛機:哥打京那巴魯有一個沙巴州最大的機場,亞庇國際機場,主要提供國際航班及馬來西亞航空公司班機起降,機場有2個航站樓。提供機場大巴來回於T1、T2間的機場與市區,市區下車點是旺旺山廣場。或直接搭乘出租車前往市區,車程約20分鐘。
巴士:哥打京那巴魯有兩個主要汽車站,亞庇巴士總站和亞庇長途汽車站,適合背包客、喜歡經濟遊的遊客,亞庇巴士總站位於市區,自備零錢,上車付費。亞庇長途汽車站位於市區東部,從沙巴其它遠途城市來可以在此下車。
公交車:哥打京那巴魯有4條公交線路,四條都是旺旺山環線,起始點和終點都是旺旺山,中途停靠不同的站點,其中線路2主要經過沙巴海灘、沙巴夜市、沙巴酒吧等,很適合想要在沙巴享受美食與生活的遊客。
出租車:分為車身黑黃相間或車身紅白相間,可以在主要商場、購物中心及餐廳附近找到出租車車站,也可以讓酒店櫃檯安排。費用較高,如果多人乘坐,可以與司機協商包車,負責同日接送。
租車:可以在酒店、商場、旅行社等地找到租車服務,價格隨車型和不同公司而變化,租車前要了解當地交通規則,拿到車後先檢查車身狀況。
水運:哲斯頓城碼頭有固定發船班次前往周邊小島,比如Manukan、Sapi、Gaya等島嶼,價格在RM17到RM40之間,提供中文購票窗口。