鹿兒島水族館有巨大海流“黑潮”,鯨鯊、鰹魚、金槍魚等魚類順流而來。從屋久島、種子島到與論島連綿的群島“西南諸島”周圍珊瑚礁發達。鹿兒島水族分別以2樓的“黑潮之海”、“西南諸島之海”以及4樓以錦江灣為中心的“鹿兒島之海”等主題展示。